تعرض الدكتور حسن الحيوان للسجن الانفرادي بسجن مزرعة طرة من يوم 16 ديسمبر 2005 م حتى ظهر يوم 18 فبراير 2006م حيث قررت النيابة إحالته إلى محكمة الجنايات بمحكمة أمن الدولة العليا وبرفقته اثنين بينهم أحد أعضاء الحزب الوطني في محافظة الشرقية متهم بحيازة أسلحة في سابقةٍ اعتبرت الأولي من نوعها في التعامل مع أفراد جماعة الإخوان المسلمين .حكمت المحكمة ببراءته بتاريخ 14 يونيو 2006 وتم اعتقاله بتاريخ 15 يونيو 2006 م ثم جدد حبسه تلقائيا حتى أفرج عنه في يوم الجمعة 22 سبتمبر 2006 م.